A Fundação conta com um Conselho Diretor, como órgão executivo, composto pelo Presidente, Vice-Presidente e Diretor Administrativo; um Conselho Deliberativo com três integrantes, sem suplentes; e um Conselho Fiscal, composto por três membros efetivos e três suplentes, todos com mandato de quatro anos.
Além disso, possui um Corpo Administrativo interno com três profissionais, um Setor de Contabilidade contratado, pertencente à Organização Nacional de Contabilidade (ONAC), um Setor de Auditoria Externa independente, uma Assessoria Jurídica e um Corpo Técnico, composto pelos integrantes dos seus próprios quadros organizacionais e por profissionais que participam da execução de seus projetos.
| Conselho | Cargos | Membros |
| Diretor | Presidente | Gen Bda Flávio Cesar Terra de Faria |
| Vice-Presidente | Gen Bda Sérgio Tavares Carneiro | |
| Diretor Administrativo | Cel Antônio Carlos Guelfi | |
| Deliberativo | Titulares | Cel Eduardo Conde Sangenis |
| Cel João de Azevedo | ||
| Cel Paulo Gil Teixeira | ||
| Fiscal | Titulares | Cel Luiz Carlos da Costa |
| Maj Wellington Lourenço do Vale | ||
| 2º Ten Levindo Tenório Ramos | ||
| Fiscal | Suplentes | Maj Paulo Roberto Leal de Azevedo |
| Maj Paulo César Soares | ||
| Maj Fábio Gomes Abouh |